Por Valeria Días
no publicado Revista USP
Investigadores de la USP y de la Universidad de Trento (Italia) utilizarán técnicas estadísticas y de aprendizaje automático para identificar las especies y los genes de la microbiota (conjunto de bacterias, hongos y virus presentes en los intestinos) de pacientes con cáncer colorrectal. El método fue capaz de predecir, con gran precisión y únicamente sobre la base de la composición de la microbiota, la presencia o ausencia de cáncer en diferentes pacientes evaluados en los estudios. Los resultados podrían ayudar a aumentar la precisión diagnóstica de la enfermedad, teniendo en cuenta las características de la microbiota. Se acaba de publicar un artículo descreyendo a los achados na medicina natural y esta disponible este enlace.
Los científicos trabajaron con datos de 969 muestras fecales de personas con cáncer colorrectal, portadores de adenomas (pólipos benignos y malignos) y controles, es decir sanos, para comparar. Esta información se extrae de siete estudios realizados en China, Francia, Estados Unidos, Austria e Italia, y está disponible en bases de datos internacionales de secuencias de ADN.
Un análisis de dos datos mostró que mostramos que dos pacientes con cáncer colorrectal continuaron teniendo una mayor cantidad de la enzima bacteriana cutC – uso de colina del gen C. Esta enzima descompone la colina que se encuentra en la fosfatidilcolina (un nutriente que se encuentra en los alimentos ricos en grasas, como la carne, el queso y los huevos) y genera trimetilamina, liberando acetaldehído sin procesar, un compuesto altamente cancerígeno. Los pacientes con cáncer colorrectal también tenían un mayor número de bacterias en comparación con el grupo de control, además de más especies asociadas con la cavidad bucal.
“Esta enzima bacteriana es trimetilamina já foraminíferos asociados con enfermedades cardiovasculares como la aterosclerosis. También se sabe que existe una asociación entre el consumo de carne verde y el cáncer colorrectal”, explica el biólogo Andrew Maltez Thomas que, junto al investigador Paolo Manghi, de la Universidad de Trento, son los primeros autores del artículo. El análisis metagenómico de conjuntos de datos de cáncer colorrectal identifica firmas diagnósticas microbianas de cohortes cruzadas y vincula a la degradación de la colinapublicado n La naturaleza Medicamento.
En segundo desde Según la Organización Panamericana de la Salud, el cáncer es una de las principales causas de muerte en el mundo: hubo aproximadamente 9,6 millones de muertes en 2018. El cáncer colorrectal tuvo 1,8 millones de casos registrados. Los otros tipos de cáncer más frecuentes son: pulmón (2,09 millones de casos), mama (2,09 millones de casos), próstata (1,28 millones de casos), cáncer de piel y melanoma (1,04 millones de casos) y estómago (1,03 millones de casos).
Metagenómica y aprendizaje automático
Para analizar el ADN de las 969 muestras e identificar y cuantificar la población de la microbiota, los investigadores utilizarán medios de inteligencia artificial. Utilizarán un clasificador, una especie de “programa informático” capaz de aprender y poner en práctica los conocimientos adquiridos. El clasificador fue entrenado en seis estudios, donde recibimos información sobre qué muestras eran cánceres colorrectales, cuál era el grupo de control y cuál era la microbiota de cada muestra. Depois, los científicos probaron el método en el séptimo estudio, cuyos datos no se habían ingresado en el entrenamiento anterior.
El clasificador pudo predecir con gran precisión lo que mostramos en el cáncer colorrectal en el séptimo estudio. Los científicos validaron los resultados obtenidos (mayor presencia de la enzima cutC, mayor número de bacterias y más especies asociadas a la cavidad bucal) en otros dos estudios, uno en Japón y otro en Alemania, y el método demostró ser bastante preciso al detectar dos casos de infección. .
Andrew informa que el principal método de detección del cáncer colorrectal es el examen de heces. Combinado con el análisis de la microbiota, podría ayudar a reducir los taxones falsos positivos. “Es posible, en un futuro cercano, combinar los dos métodos a nivel hospitalario mediante examen de heces y una técnica llamada qPCR [PCR quantitativa]dijo André Thomas.
influencia de la dieta
Según un biólogo, la herencia es responsable del 5 al 10% de dos casos de cáncer colorrectal. Esto ocurre principalmente debido a componentes ambientales, como la dieta. “La comida modula la microbiota. El vínculo entre la microbiota y el cáncer colorrectal es mucho más tangente que en otros tumores”, especifica.
Segundo o investigador, ya se sabe que la microbiota fecal puede predecir en gran medida la presencia de cáncer colorrectal y existen asociaciones entre determinadas especies bacterianas y la presencia de daño. “Isso plantea la hipótesis de que la microbiota podría estar asociada al desarrollo pero también al proceso tumorigénico [formação de tumor] Diosa Cáncer”, concluye.
El asesor de investigación en Brasil, profesor João Carlos Setúbal, destaca la creciente importancia de la bioinformática. “Hoy en día es muy importante analizar datos biológicos a gran escala por ordenador. La bioinformática se ha convertido en un instrumento imprescindible para llegar a conclusiones como estas. papel apresenta”, enfatiza el docente.
El artículo no está disponible lugar de publicacion. Forma parte de la tesis doctoral de Andrew, presentada en diciembre pasado en el Programa de Posgrado en Bioinformática Interunidades de la USP. La orientación de la tesis estuvo a cargo del profesor João Carlos Setúbal, del Instituto de Química de la USP. Coordenadas de Setúbal o Laboratorio de Bioinformática, que desarrolla investigación en el campo de la microbiota y la salud humana. El co-referido del médico fue el investigador Emmanuel Dias-Neto, del Centro de Investigaciones del Hospital AC Camargo. Una investigación descrita en medicina natural se llevó a cabo en la modalidad de doctorado-sándwich en la Universidad de Trento, Italia, en proyecto dirigido por el investigador Nicola Segata.